The manager will give instructions _____ phone.

Phone শব্দটির পূর্বে by বসে। কিন্তু the phone এর পূর্বে over/on বসে।
যেহেতু প্রশ্নে উল্লেখিত বাক্যটিতে phone এর পুর্বে the article হিসাবে বসে নি, তাই সঠিক উত্তর হবে - by.
Complete sentence: The manager will give instructions by phone.
মনে রাখতে হবে - 
By phone: The company can be reached by phone on this number.
Over the phone: You can arrange a mortgage online, over the phone, or through a meeting.
On the phone: She has spent hours on the phone in recent weeks, talking to negotiators in a labor dispute.