The expression 'Run counter to' means -

• The expression 'Run counter to' means - to disagree with.
Run counter to
English Meaning: to be opposed to / to disagree with.
Bangla Meaning: বিরুদ্ধ হওয়া / কারো সাথে মতের অমিল হওয়া

Ex. Sentence: His theory ran counter to the beliefs of his time.
Bangla Meaning: তার তত্ত্ব তার সময়ের বিশ্বাসের বিরুদ্ধে ছিলো।

Source: Website Lecture.