মুজিবনগর সরকারের মূখ্য সচিব ছিলেন - রুহুল কুদ্দুস। উল্লেখ্য, তিনি তৎকালীন পাকিস্তানের সিএসপি অফিসার ছিলেন এবং আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলার অন্যতম আসামী ছিলেন। এইচ.টি ইমাম - মন্ত্রীপরিষদ সচিব, নুরুল কাদের সংস্থাপন সচিব ও মাহবুবুল আলম চাষী পররাষ্ট্র সচিব ছিলেন।