In case we fail, what will happen? What type of clause is “what will happen”?

In case একটি Sub-ordinate Conjunction, আর তাই In case we fail একটি Sub-ordinate Clause (Adverbial Clause of Condition).
অন্যদিকে What এখানে Interrogative Pronoun, যা Clause টির Subject হিসেবে ব্যবহৃত হয়েছে। তাই Clause টি Principal Clause. What কে এখানে Relative Pronoun এর সাথে confused করা যাবে না।