১৯৬৮ সালের ৩ জানুয়ারি আইয়ুব খানের সরকার পাকিস্তান দন্ডবিধির ১২১-ক ধারা এবং ১৩১ ধারায় আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা দায়ের করে। ১৮ জানুয়ারি বঙ্গবন্ধুকে এই মামলায় অভিযুক্ত করা হয়।
বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানকে প্রধান আসামী করে মোট ৩৫ জনকে এই মামলায় আসামী করা হয়। ঢাকা ক্যান্টনমেন্টে ১৯ জুন ১৯৬৮ কঠোর নিরাপত্তার মধ্যে এই মামলার বিচারকার্য শুরু হয়।
এই মামলার বিচারের জন্যে গঠিত বিশেষ ট্রাইব্যুনালের, প্রধান বিচারপতি : এস এ রহমান সদস্য : এম আর খান সদস্য : মুকসুমুল হাকিম।
বাদীপক্ষের আইনজীবী: - আবদুস সালাম খান - স্যার টমাস উইলিয়াম।
এই মামলার অন্যতম আসামী সার্জেন্ট জহুরুল হককে ঢাকা ক্যান্টনমেন্টে বন্দি অবস্থায় ১৫ ফেব্রুযারি ১৯৬৯ গুলি করে হত্যা করা হয়। এতে আন্দোলন আরও তীব্র আকার ধারণ করে যার ফলশ্রুতিতে আইয়ুব খানের সরকার ১৯৬৯ সালের ২২শে ফেব্রয়ারি আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা প্রত্যাহার করে বঙ্গবন্ধু সহ সকল রাজবন্দিদের মুক্তিদানে বাধ্য হয়।
(তথ্যসূত্র: বাংলাদেশের ইতিহাস ও বিশ্বসভ্যতা : নবম-দশম শ্রেণী এবং বাংলাপিডিয়া)