He said that they ____ there.

Principal Clause – Past Tense হলে Sub-ordinate Clause – Corresponding Past Tense হয়।
অর্থাৎ নিয়ম অনুযায়ী যে Present Tense (Indefinite/ continuous/ perfect/ perfect continuous) হওয়ার কথা, সেটা না হয়ে- ঐ ধরনের past tense হয়।
এখানে already থাকায় Present Perfect হওয়ার কথা, কিন্তু Principal Clause (He said) Past Tense হওয়ায় এখানে Past Perfect Tense হবে।
বাক্যটা Active, তাই খ ভুল Passive হওয়ার কারণে।