১৯৬৮ সালের ৩ জানুয়ারি পাকিস্তান সরকার আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা দাযের করে। ১৮ জানুয়ারি বঙ্গবন্ধুকে এই মামলায় অভিযুক্ত করা হয়। এতে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানসহ মোট আসামি ছিলো ৩৫ জন। ঢাকা ক্যান্টনমেন্টে ১৯ জুন কঠোর নিরাপত্তার মধ্যে এই মামলার বিচারকার্য শুরু হয়। বিচারের জন্যে গঠিত তিন সদস্যের ট্রাইব্যুনালের চেয়ারম্যান ছিলেন বিচারপতি এস এ রহমান। অপর দুই সদস্য হলেন এম আর খান এবং মুকসুমুল হাকিম। বঙ্গবন্ধুর পক্ষে কৌশুলী ছিলেন ব্রিটিশ আইনজীবী টমাস উইলিয়াম, আব্দুস সালাম খান, আতাউর রহমান খান প্রমুখ। সরকার পক্ষে প্রধান কৌশুলী ছিলেন মঞ্জুর কাদের এবং অ্যাডভোকেট জেনারেল টি এইচ খান। এই মামলার ১৭ নং আসামী সার্জেন্ট জহুরুল হককে ১৫ ফেব্রুযারি ১৯৬৯ ঢাকা সেনানিবাসে বন্দি অবস্থায় গুলি করে হত্যা করা হয়। এতে প্রবল আন্দোলনের মুখে আইয়ুব খান সরকার ১৯৬৯ সালের ২২শে ফেব্রয়ারি আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা প্রত্যাহার করে বঙ্গবন্ধু সহ সকল রাজবন্দিদের মুক্তিদানে বাধ্য হয়। (সূত্রঃ বাংলাদেশের ইতিহাস ও বিশ্বসভ্যতা : নবম-দশম শ্রেণী এবং অসমাপ্ত আত্মজীবনী এবং বাংলাপিডিয়া)